卒業試験が終わり、医師国家試験に合格すると医師免許が与えられます。
しかし、現在は初期臨床研修（いわゆる研修医）が義務付けられており、初期研修修了証がないと保険診療を行うことができません。
保険診療というのは、一般的な診療行為のほとんどであり、保険診療外のものは自由診療といわれ、美容整形や特殊な治療方法を指しますが、医師が行う診療行為は保険診療だと捉えていただいて大きな問題はありません。
また病院の開業にも初期研修修了証が必要です。
そのため、現在は研究医になる医学生も卒業後２年間は初期研修医として病院で臨床を学ぶことが多く、初期研修修了後に大学院や医局に入って研究医として勤務を行う流れになります。（初期研修と大学院を同時に行えるプログラムを提供している大学もあります）
初期研修は必須プログラムで定められている科をすべてローテーションという形でまわります。内科、外科、救急、麻酔科、産婦人科、小児科などをほとんどの病院や大学で経験しますが、プログラムは病院や大学ごとで異なります。だいたい１〜２ヶ月ごとで科をまわっていき、２年目は自分である程度自由に選択科を決めることができます。
初期研修終了後は自分で科を選択することができます。
極端な例ですが、精神科医として１０年勤務したあと、外科に転科することも制度上は可能です。（まずいないと思われますが・・）
多くの医師はどこかの大学の医局に入ります。医局は自分の出身大学である必要はなく、全国の医学部の医局が候補になります。面接など試験をうけて入局します。
そのほか、産業医、防衛医大、東京都枠、産婦人科枠など医学部入学時に特殊な条件で入学した方は、卒後それに従っていく必要があるため、安易にこういった特殊枠で入学するのは注意が必要です。
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